La práctica censoria consistía en realizar juntas de especialistas, promulgar edictos prohibitorios o quemar los escritos del adversario. Con la aparición y desarrollo del protestantismo se realizan los primeros actos censores del XVI. Desde mediados del mismo siglo, la censura no sólo es una parte de la estrategia de lucha contra la herejía, sino que se convierte en un instrumento de control de la producción intelectual. En líneas generales, lo prohibido se identificaba con lo herético, aunque en la práctica para los calificadores, lo seguro hubiera sido la identificación de lo prohibido y lo individualmente prohibido, la imprecisión de estas prohibiciones, condicionó también la acción de los mismos, por lo que recurrieron a una serie de criterios que les permitía particularizar lo prohibido. Los criterios utilizados eran: el autor, determinados requisitos formales, la naturaleza del objeto del libro y el contenido.

En cuanto a la práctica de la censura propiamente dicha, los calificadores utilizaban diferentes procedimientos. El más común consistió en extractar del contexto de la obra censurada una frase y aplicarle notas como "ofensiva a píos oídos", "errónea", "escandalosa", "proposición herética", etc. También se recurría al expurgo directo, tachando con gruesa tinta palabras o frases, arrancando páginas consideradas inaceptables, o bien pegando papel en blanco sobre el texto afectado.