Pero sobre todo destacó en la conquiliología. Bonanni creó la primera guía práctica ilustrada para coleccionistas de conchas, Recreatione dell'occhio e della mente (1681).  La guía en dos volúmenes fue el primer tratado dedicado íntegramente a los moluscos e incluía numerosos grabados. El trabajo de Bonanni es significativo por sus cuidadosos intentos de describir con precisión la morfología de las conchas. Aunque su trabajo es anterior a la adopción del sistema de nomenclatura binomial de Linneo, Bonanni sentó las bases para la nueva disciplina de la conquiología. Varios nombres linneanos posteriores se basaron en el trabajo de Bonanni, incluido el nombre de la clase Bivalvia, que él introdujo.

Bonanni también escribió sobre los ingredientes que los artesanos en China usaban para fabricar la laca que aplicaban a la porcelana, un artículo de importación popular en Europa en ese momento, experimentando con varias recetas para recrear la producción y publicando sus estudios en el Trattato sopra la vernice detta comunemente cinese (1720), obra objeto de numerosas ediciones en varios idiomas, y que ha sido reeditada recientemente, en 1994, en su versión italiana original.

No podemos dejar de mencionar por último su gran obra numismática en dos volúmenes en  folio, Numismata Pontificum Romanorum...  (Roma, 1699)  sobre las monedas emitidas por el papado a lo largo de los siglos, dibujadas, grabadas y descritas por el mismo Bonanni.

Inspirado por la colección de instrumentos del museo e intrigado por las historias detrás de ellos, en 1722 Bonanni publicó su Gabinetto Armonico pieno d'istromenti sonori. Si bien hay un texto breve y, a menudo, esclarecedor para cada instrumento, son las 152 planchas grabadas, ejecutadas por el artista y editor flamenco Arnold van Westerhout, las que realmente dan vida a la obra. Los instrumentos presentados se dividen en tres secciones (viento, cuerda y percusión) y están precedidos por trece breves discusiones de otras categorías musicales. Si bien algunos de los instrumentos reunidos en el libro de Bonanni son tan simples como el apicultor golpeando su tina o el ruido de los zapatos contra el suelo, algunos son máquinas técnicas altamente elaboradas; el gran órgano del Palazzo Verospi requiere una página desplegable para mostrarlo todo. También introduce lo que podrían considerarse instrumentos más incidentales, por ejemplo, la campana sobre el cuello de un criminal maniatado o el sonido de la espada de un soldado al ser golpeada.

A la vez antropológico y enciclopédico, el libro muestra no solo los instrumentos, sino también a sus músicos, incluso mujeres, y como tal se encuadra en la tradición popular de la escritura de viajes y catálogos de pueblos extranjeros. Además de las tradiciones populares y antiguas de la Europa de Bonanni, el Gabinetto cubre instrumentos y músicos de África, Asia y las Américas, a menudo acompañados de detalles de encuentros etnográficos. En cada uno de estos grabados se representa un único personaje, con ropajes adecuados a su tradición cultural y en un espacio o paisaje de referencia, tañendo un instrumento concreto y, a veces, danzando. El conjunto tiene algo de atemporal, pues se mezclan personajes bíblicos con gente del pueblo, objetos sonoros de la Antigüedad clásica y de culturas no europeas con instrumentos populares y cultos del tiempo de Bonanni.

Bonanni forma parte de la tradición erudita y científica del siglo XVII y, como otros teóricos de su época, adopta el punto de vista propio de los científicos eruditos, muchos de ellos jesuitas, que poblaron Europa y sus colonias desde el siglo XVI e hicieron gala de sus vastos conocimientos intentando integrar el conocimiento sobre instrumentos musicales dentro del conocimiento universal.

Cuando  Bonanni publicó en Roma, en 1722, la primera edición de su Gabinetto Armonico (con 84 años de edad), brillaban ya a su alrededor nuevos experimentos musicales como el "cimbalo col piano e forte" (como llamó a su recien inventado piano Bartolomeo Cristofori en una entrevista de 1710). 

LAS FUENTES DE BONANNI

Las obras teóricas de las que Bonanni se alimenta para la construcción de su Gabinetto son principalmente las de Athanasius Kircher (Musurgia universalis, Roma, 1650 y Phonurgia Nova, Campidonae, 1673), Michael Praetorius (Syntagma musicum, Wonfelbuttel 1617-19) y Marin Mersenne (Harmonicorum libri, París 1636).

Estos autores se hicieron eco de las aplicaciones científicas de su época en los instrumentos musicales y abrieron nuevos campos de conocimiento, como la experimentación con fenómenos físico-acústicos (Kircher) o la descripción de la serie de los armónicos naturales (Mersenne), sin olvidar una aportación destacada en estos escritos y pionera en los estudios de organología, como es la clasificación y ordenación de los instrumentos musicales y, con ellos, de sus ámbitos funcionales y espacios sonoros adecuados (como es el caso de Bonanni).

Para la iconografía "degl'stromenti sonori per il fiato"  Bonanni se apoya sobre todo en Caspar Bartholin (De tibiis veterum, Amstelaedami, 1679).

Para los instrumentos no europeos cita con frecuencia a  G.A. Cavazzi (Istorica descrizione de 'tre' regni Congo..., Bolonia, 1687), E. Kaempfer (Amoenitatum exoticarum politico-physico-medicarum fasciculi V, Lemgoviae, 1712), M. de Ferriol (Recueil de cent estampes representant differentes nations du Levant, Paris 1714) y G.F. Gemelli (Giro del mondo..., Napoli, 1700).

Apoya su iconografía también en catálogos de antigüedades, muy utilizados como fuente en la "classe terza". Las obras más citadas son:  Jacob Spon (Miscellanea eruditae antiquitatis, Lugduni, 1685), F. A. Lampe (De cymbalis veterum libri tres, Trajecti ad Rhenum, 1703),  L. Pignoria (De servis et eorum apud veteres ministerijs commentarivs,  Patavij, 1694) y G. Maggi (De Tintinnabulis liber postumus, Amstelaedami 1689).

Para apoyar sus argumentaciones sobre la etimología de los instrumentos, Bonanni recurre en numerosas ocasiones a los autores clásicos y a la Biblia como veremos en los ejemplos siguientes.