De la primitiva fábrica del colegio sólo se conserva la capilla, ya que el resto fue demolido a principios del siglo XX con motivo de las obras del ensanche que dio lugar a la Avenida de la Constitución, y la portada de acceso, trasladada en 1920 al compás del convento de Santa Clara de Sevilla.

Por el relato de quienes llegaron a conocerlo, sabemos que el edificio, de planta rectangular, se estructuraba en tres ámbitos de extensión desigual. Penetrando en el recinto por la puerta principal, se accedía a un pequeño atrio de ingreso a cuya derecha estaba la capilla y a la izquierda los locales de la Universidad. Al fondo del atrio, la puerta de entrada al Colegio, constituido fundamentalmente por un gran patio porticado con columnas de mármol en las dos plantas y habitaciones a lo largo de las galerías.

Además del fundador, fueron enterradas en la capilla otras personas, entre ellas el Maestro Alonso de Campos, su albacea testamentario, que concluyó la obra de Santaella.

La zona inferior de la portada del colegio se llevó al compás del Convento de Santa Clara de Sevilla, donde en 1922 el arquitecto Juan Talavera y Heredia la utilizó para puerta de acceso al Museo Arqueológico Municipal.

La capilla ha llegado a nosotros gracias a la labor de José Gestoso, miembro de la Comisión Provincial de Monumentos, quien logró en 1901 porque permaneciera íntegra.

Dentro de la documentación del Archivo, existen dos planos de la antigua librería o biblioteca del Colegio, realizados en 1742 con motivo de las obras que se realizan para poder ubicar la donación de la biblioteca del Cardenal Belluga y Moncada, así como documentación relativa a dicha obra (AHUS Legajo 609-21a).