El día 4 de abril de 2006 se aprobó por el Congreso de los Diputados una Proposición no de Ley por la que se instaba al Gobierno a que, a través del Ministerio de Cultura, estableciera un premio dedicado al Cómic, que tenga en cuenta la dimensión plurilingüe y pluricultural del Estado, tanto en lo que se refiere a los creadores y editoriales, como a la composición del jurado encargado de otorgarlo. El cómic en España cuenta con una gran tradición lectora, viviendo en la actualidad un momento de gran auge, producto del genio creativo de sus autores actuales y de la expansión de su industria editorial.

En sus primeros años, la obra galardonada coincidió con la más valorada en el Salón Internacional del Cómic de Barcelona.

Antes de su aprobación, la excelencia en el ámbito del cómic español se reconocía a través de los premios otorgados en los diferentes salones del cómic y del manga repartidos por la geografía del país,5 aunque el Ministerio de Cultura ya había entregado su Medalla de Oro al mérito en las Bellas Artes a los historietistas Miguel Quesada (2000), Francisco Ibáñez (2001) y Carlos Giménez (2003)

Con la creación del Premio Nacional del Cómic aumentó el reconocimiento del medio y de sus profesionales en España. Para las obras galardonadas, tiene un efecto multiplicador en sus ventas.